1. 細胞壁的消化,將細菌溫育在裂解液中去除細胞壁中的肽聚糖。通常在等滲的情況下進行此步,以防止細胞漲破釋放出染色體DNA分子。注意,革蘭氏陽性菌對裂解酶相對不敏感,需要額外的處理以使酶到達細胞壁層,例如,可采用滲透壓休克或保溫在螯合劑中,如EDTA。EDTA也能使一些細菌的脫氧核糖核酸酶失活,以防止在提取過程中,質粒DNA降解。
2. 利用強堿(NaOH)和其他試劑,如十二烷基磺酸鈉溶解細胞膜并使蛋白質部分變性。再中和此溶液使不溶性染色體DNA沉淀,質粒DNA存于溶液中。
3. 移去其他的大分子物質,特別是RNA和蛋白質,這可利用核糖核酸酶和蛋白酶進行酶促消化。另一些化學純化步驟可增加質粒DNA的純度,例如可將提取物同水飽和酚或酚/氯仿混合物混合,以除去蛋白質。再離心,DNA留在上面的水層,蛋白質則分離在下面的有機溶劑層。重復酚/氯仿提純的循環(huán)可降低樣品中這些大分子蛋白的含量到zui少。還可通過等密度的CsCl梯度離心法得到純化的DNA。
4. 利用體積分數(shù)為70%左右的乙醇沉淀DNA,離心,得到的DNA沉淀,再用體積分數(shù)為70%的乙醇洗,其中的水將除去先前階段的鹽污染。經(jīng)過提純的DNA,可冷凍保存?zhèn)溆茫蛑匦氯芙庠诰彌_液中。